Seis anos depois da morte de John Hammond e da misteriosa destruição do seu Parque Jurássico na Ilha Nubla, O matemático Ian Malcom descobre uma segunda ilha no largo da Costa Rica. onde Hammond concebia os seus dinossauros genéticamente criados. Ele viaja com uma equipa de cientistas que incluem o paleobiologista, Richard Levine, Sarah Harding, e dois miúdos escondidos, Kelly e Arby, ambos com 11 anos.

Uma vez na ilha, eles encontram-se na corrida pelas suas vidas dos dinossauros assassínos com quem Ian já se tinha cruzado, juntamente com novas espécies. O grupo, não só tem que se haver com os dinossauros, como também com o seu cientista rival, Lewis Dogson e os seus capangas, que estão lá para roubar ovos de dinossauros e trazê-los para o Continente.